l二氧化碳培養箱未注水前不能打開電源開關，否則會損壞加熱元件。
　　
　　l培養箱運行數月后，水箱內的水因揮發可能減少，當低水位指示燈（WLow12）亮時應補充加水。先打開溢水管，用漏斗接橡膠管從注水孔補充加水使低水位指示燈熄滅，再計量補充加水（CP-ST200A加水1800ml，CP-ST100A加水1200ml），然后堵塞溢水孔。
　　
　　l二氧化碳培養箱可以做高精度恒溫培養箱使用，這時須關閉CO2控制系統。
　　
　　l因為CO2傳感器是在飽和濕度下校正的，因此加濕盤必須時刻裝有滅菌水。
　　
　　l當顯示溫度超過置定溫度1℃時，超溫報警指示燈（OverTemp7）亮，并發出尖銳報警聲，這時應關閉電源30分鐘；若再打開電源（溫控）開關（Power20）仍然超溫，則應關閉電源并報維修人員。
　　
　　l鋼瓶壓力低于0.2MPa時應更換鋼瓶。
　　
　　l盡量減少打開玻璃門的時間。
　　
　　l如果二氧化碳培養箱長時間不用，關閉前必須清除工作室內水分，打開玻璃門通風24小時后再關閉。
　　
　　l清潔二氧化碳培養箱工作室時，不要碰撞傳感器和攪拌電機風輪等部件。
　　
　　l拆裝工作室內支架護罩，必須使用隨機扳手，不得過度用力。
　　
　　l搬運培養箱前必須排除箱體內的水。排水時，將橡膠管緊套在出水孔上，使管口低于儀器，輕輕吸一口，放下水管，水即虹吸流出。
　　
　　l搬運二氧化碳培養箱前應拿出工作室內的擱板和加濕盤，防止碰撞損壞玻璃門。
　　
　　l搬運培養箱時不能倒置，同時一定不要抬箱門，以免門變形
　　
　　污染物的控制
　　
　　污染是導致細胞培養失敗的一個主要因素，二氧化碳培養箱的制造商們設計了多種不同的裝置去減少和防止污染的發生，其主要途徑都是盡量減少微生物可以生長的區域和表面，并結合自動排除污染裝置來有效防止污染的產生。
　　
　　例如，鑒于CO2培養箱在使用過程中有時會伴有霉菌生長，為確保培養箱免受污染且保證儀器箱體內的生物清潔性，有些公司開發設計了帶有紫外消毒功能的CO2培養箱；還有公司設計HEPA濾器能過濾培養箱內空氣，可過濾除去99.97%的0.3um以上的顆粒；此外，自動高溫熱空氣殺菌裝置能使箱內溫度達到高溫（如200℃）從而殺死所有污染微生物，甚芽孢等耐高溫微生物，這些裝置對于細胞培養來說是更有安全保障的。